Untuk menyiapkan generasi penerus yang cerdas dan berakhlak mulia, Yayasan Majlis Tafsir Al Quran juga memiliki Pendidikan Formal
Selain memperoleh pengetahuan umum berdasar kurikulum nasional yang dikeluarkan oleh Depdiknas, siswa-siswa di Pendidikan Formal yang dimiliki MTA juga memperoleh pelajaraan diniyah.